Um Unstimmigkeiten im Modell zu beseitigen, die durch Datenimporte aus CAD-Programmen oder durch die Modellierung entstanden sind, besteht in RFEM 6 die Möglichkeit Modelltoleranzen für Knoten, Linien, Flächen und Richtungen in den Eingabedaten zu definieren. In diesem Sinne wird festgelegt, ab welcher Toleranz die Knoten, Linien, Flächen und Abstände als identisch bewertet und zusammengefasst werden sollen.
Diese Modelltoleranzen werden im Programm zum einen berücksichtigt, wenn einzelne Modellparameter über die Funktion "Verschieben/Kopieren" modifiziert werden und zum anderen wenn die "Drag&Drop"-Funktion zum Einsatz kommt. Wird die Position der Modellparameter jedoch über die Tabelle definiert, können die festgelegten Toleranzen beliebig unterschritten werden. (Anmerkung: Im Video wurde die Modelltoleranz etwas gröber eingestellt, damit die Effekte dieser Einstellung deutlich werden. Im Normalfall ist eine Modelltoleranz von 0,0005 m vom Programm voreingestellt.)
In RFEM 5 konnten derartige Unstimmigkeiten im Modell automatisch über die Funktion "Modell regenerieren" beseitigt werden.